体育系始建于1975年，1977年招收本科生，2006年获批硕士学位授予权（体育教育训练学），2009年更名为体育科学学院，是黑龙江省外高校最早获得硕士授予权院系之一，是我校首批获得硕士学位授予权的四个学科之一。2010年以后，学院先后被黑龙江省体育局体育科学学会授予学校体育专业委员会主任单位，黑龙江省教育厅授予高校体育专业组组长单位，黑龙江省东南部高校体育研究会会长单位，牡丹江市授予体育学领军人才梯队带头人单位等。

学院现有专职教师52名，其中教授、副教授29人，博士6人，硕士41人。师资梯队合理，科研实力较强，4个方向的学术带头人及团队科研基础良好，在该领域已取得了丰硕的成果。近5年教师发表论文169篇，其中中文核心期刊32篇、EI期刊2篇、检索收录22篇；课题86项，其中国家社科基金主持和参与3项、省部级10项、厅级36项；著作教材33部；各级科研获奖75项，其中省部级以上36项；国家专利38项，其中发明专利3项；累计科研经费176.59万元；获省教学成果二等奖2项，校级教学成果一等奖2项。先后承办国际会议3次，参加国内外学术会议32次，现场报告10次，大会报告3次。两获“教育强市、我当先锋”先进集体；两名教师获市“五一”劳动奖章；三名教师获省技能大赛一等奖；多名教师获羽毛球、网球比赛优异成绩。研究生发表论文475篇、承担省、校级项目59项、获省级科研奖励14项；4名研究生到中国农业科学院从事肌腱干细胞及损伤动物模型建立等研究。

学院设有体育教育和社会体育指导与管理两个专业，均为校级重点专业，体操、田径、篮球、健美操、大学体育等5门课程先后被评为省级重点和校级精品课程。

学院现有运动解剖学等7个实验室和大学生体质测试中心。仪器设备300余台套，价值200余万元。拥有标准的塑胶田径场、室外篮球、足球、排球、网球场等；有容纳1600人的综合体育馆；50米标准游泳馆；1000平方米体操馆；600平方米乒乓球馆；300平方米健美操室及400平方米的健美健身中心等。

2010年以来，学院先后荣获国家级、省级、市级等运动竞赛800多项奖励，2017年学院代表黑龙江省参加中华人民共和国第十三届运动会龙舟比赛并进入决赛，单项取得第十名的成绩。为国家残疾人滑雪队提供技术支持，举办7次科学健身讲座，负责完成牡丹江国民体质监测工作。

体育科学学院以服务区域体育为宗旨，突出国家需要与区域需要，形成了良好的理论与方法体系及系列学科研究成果。多年来为黑龙江省和牡丹江市乃至全国输送了一批又一批的体育专业人才。毕业生受到社会普遍欢迎，就业率逐年提升，为地方经济建设与社会发展做出了积极的贡献。

十三五期间，体育科学学院根据国家战略、区域经济社会、文化和学科发展的新形势、新要求，与时俱进、深化改革，锐意创新，培养出更多适合社会需求的体育专业应用型人才。